Le niveau des océans a augmenté durant le XXIe siècle, submergeant la plupart des terres et ne laissant que quelques îles isolées. Dans cet univers post-apocalyptique les rescapés sont confrontés à une nouvelle menace, des attaques d'une armée d'hybrides, des créatures génétiquement modifiées. C'est dans ce contexte que la Blue Fleet charge le jeune Mayumi Kino de recruter un ancien militaire pour combattre à leurs côtés et assurer leur survie...Le meilleur espoir de l'humanié réside dans sa force sous-marinière, et en particulier le Blue Submarine no. 6.
